Canselor UniMAP yang pertama sehingga kini adalah DYTM Tuanku Syed Faizuddin Putra Ibni Tuanku Syed Sirajuddin Jamalullail yang dilantik pada 1 September 2003 oleh Seri Paduka BagindaYang Dipertuan Agong. Sebagai jawatan kehormat yang tertinggi peranan utama baginda adalah sebagai lambang pengiktirafan sesebuah universiti ini. Pro Canselor UniMAP pula ialah DYTM Raja Puan Muda Perlis, Tuanku Hajjah Lailatul Shareen Akashah Khalil.

UniMAP mempunyai Lembaga Pengarah Universiti yang dipengerusikan oleh Yang Berbahagia Dato’ Prof. Emeritus Ir. Dr. Zainai bin Mohamed. Diperingkat pengurusan universiti, UniMAP diketuai oleh Naib Canselor yang dilantik oleh Menteri Pengajian Tinggi, dan dibantu oleh tiga orang Timbalan Naib Canselor (TNC), iaitu TNC Akademik dan Antarabangsa, TNC Penyelidikan dan Inovasi, dan TNC Hal-ehwal Pelajar & Alumni. Selain itu terdapat 3 pegawai pengurusan utama iaitu Pendaftar, Bendahari dan Ketua Pustakawan.